（1）第一层全宗号。如果有多全宗档案进行数字化，需要分全宗进行存储。一般一个立档单位只有一个全宗号，多全宗一般适用于档案馆进行档案数字化。
（2）第二层类别名称。如果有不同类别的档案需要进行档案数字化，需要在 “全宗号”文件夹下面建立不同类别文件夹并分别命名，以分类存储不同类别档案数字化成果。如：“文书档案”“婚姻档案”“土地确权档案”等
（3）第三层不同阶段数字化成果。主要分三种，分别是原始扫描件（TIFF格式）、图像修图扫描件（TIFF格式）、多页合并扫描件（PDF格式）。
① 原始扫描件：通过扫描仪直接扫描的单页图像，没有经过任何图像软件二次处理的图像。
② 图像修图扫描件：对上述“原始扫描件”按纸质档案数字化规范进行相应图像处理的最终符合验收标准的单页图像。
③ 多页合并扫描件：对上述“图像修图扫描件”进行多页合并成为连续PDF文件的最终产品。
（4）第四层保管期限。根据需数字化的档案保管期限来命名文件夹，如：永久、30年等
（5）第五层年度。根据需数字化的档案归档年度来命名文件夹，如：2000、2001、2002等
（6）第六层档号。以“件”为单位进行档案数字化的，在“年度”文件夹下层建立以此件归档文件档号命名的文件夹，本年度所有归档文件均在“年度”文件夹下并列存放。所有相对应的原始扫描件、修图件、合并件均放到此文件夹内。
以“卷”为单位进行档案数字化的，在“年度”文件夹下层建立以此卷档案案卷级档号命名的文件夹，本年度所有案卷在“年度”文件夹下并列存放。在相应案卷级档号文件夹的下层，再建立以此卷档案文件级档号命名的文件夹，本卷所有文件级档号命名的文件夹在案卷级档号文件夹下并列存放。所有相对应的原始扫描件、修图件、合并件均放到此文件夹内。
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